Le CNLC est doté d'un Conseil d'Orientation (C.O), organe collégial, et de la Cellule de Prévention et d'Investigation dirigé par un Coordonnateur conformément aux dispositions de l'article 5 du décret n° 2014-420 du 09 juillet 2014.
Organe stratégique, le Conseil d'orientation est chargé de coordonner la mise en œuvre des missions du CNLC, il approuve les plans d'action et suit leur mise en œuvre. Il est présidé par le représentant du Ministre en charge du Commerce. Il est composé de quinze membres représentant :
Le Président du Conseil d'orientation est assisté par trois vice-présidents, à savoir :
Le conseil d'Orientation depuis sa création est présidé par Monsieur Brou Michel Gabriel N'ZI, Représentant du Ministre chargé de l'Industrie.
La Cellule de Prévention et d'investigation a pour missions de mettre en œuvre les décisions du Conseil d'orientation et d'assurer la gestion administrative et financière du CNLC. Elle est composée de sept (7) membres :
Un spécialiste propriété industrielle, un magistrat, un spécialiste propriété littéraire et artistique, Un officier supérieur de Gendarmerie, Un Haut fonctionnaire des Douanes, Un Haut fonctionnaire de la Police, Un Spécialiste de la lutte contre la fraude